La liberté de conscience chez Pierre Bayle oscille. D'un côté, nous avons l'idée minimale que « les droits de la conscience sont directement ceux de Dieu lui-même », que le dictamen de la conscience ne nous appartient pas plus que la couleur de nos yeux. La conscience est ici protégée de toute intervention par un voile d'ignorance et d'impuissance, issu d'une lecture hétérodoxe de la prédestination. De l'autre nous avons l'idée que tout est ouvert à la discussion, dans une utopie marine de société indocile et de libre tolérance, sans lois ni Etat. La République des Lettres « est un état extrêmement libre. On n'y reconnaît que l'empire de la vérité et de la raison, et sous leurs auspices on fait la guerre innocemment à qui que ce soit ». Comment penser ensemble ces deux aspects ?